【2026年最新】請求書の管理方法は？保存のルールや発行・受領した後の流れを解説

最終更新日:2026年2月19日

インボイス制度の施行や電子帳簿保存法の改正などにより、請求書の管理が難しくなってきています。「管理が煩雑で負担が大きい」「効率的な方法がわからない」とお悩みの方も多いのではないでしょうか。

そこで今回は、請求書管理の基本的な流れや保存のルール、電子帳簿保存法への対応方法、さらに請求書管理システムを活用した効率化のポイントについて解説します。

目次

• 請求書管理とは発行・受領した請求書を適切に整理し、保存・運用すること
• 請求書管理の流れ（売手として発行した場合）
• 「未入金」と「入金済み」に分けて管理
• 「入金済み」の請求書は月ごと・請求先ごとに管理
• 請求書管理の流れ（買手として受領した場合）
• 「未払い」と「支払い済み」に分けて管理
• 「支払い済み」の請求書は月ごと・支払い先ごとに管理
• 請求書の保管期間
• 請求書を保存する際の注意点
• 電子データで発行・受領した場合はデータのまま保存
• 紙の請求書を電子化する場合はスキャナ保存の要件がある
• 請求書管理の方法
• Excelで管理
• 請求書管理システムで管理
• 請求書管理システムのメリット
• 請求業務全体の効率化
• ミスの軽減
• 多様な働き方の実現
• 関連システムとの連携
• 請求書管理システムを選ぶ際のポイント
• 請求書管理システムの導入で多くの請求書管理問題を解消
• よくあるご質問

請求書管理とは発行・受領した請求書を適切に整理し、保存・運用すること

請求書管理とは、発行・受領した請求書を適切に整理し、法令に沿って保存・運用することを指します。請求書は、商品やサービスの取引内容を証明する会計上重要な書類であり、法人・個人事業主を問わず、税法などの定めにより一定期間の保存が義務付けられています。

近年では、インボイス制度の施行や電子帳簿保存法の改正などにより、保存要件がより細かく定められるようになりました。さらに、紙と電子データの請求書が混在するケースも増え、請求書管理は以前にも増して煩雑になっています。

こうした状況で管理が不十分になると、未入金（回収漏れ）や未払いといった、キャッシュフローに直結するトラブルを招くおそれがあります。そのため、適切な請求書管理の体制を整えることは、安定した事業運営を行う上で欠かせません。

請求書管理の流れ（売手として発行した場合）

自社が売手として請求書を発行した場合、入金状況を正確に把握し、未回収を防ぐための管理が必要です。ここでは、請求書発行後の管理の流れについて解説します。

請求書を発行した場合の管理の流れ

「未入金」と「入金済み」に分けて管理

請求書を発行した後は、入金状況を明確に把握できるよう、「未入金」と「入金済み」に分けて管理するのが基本です。請求書を発行したら、まず請求書の控えを「未入金ファイル」にまとめて保管します。この段階では、どの取引先からの入金がまだ完了していないかを、一目で確認できる状態にすることが重要です。

その後、取引先から入金を確認したら、該当する請求書に印を押すなど入金済みとわかる印をつけ、「入金済みファイル」に移します。このように物理的にファイルを分けることで、入金確認漏れや二重請求といったミスを防ぐことができます。

また、未入金ファイルを定期的にチェックすることで、支払い遅延が発生している取引先を早期に発見し、適切な督促対応を取ることも可能です。

「入金済み」の請求書は月ごと・請求先ごとに管理

入金済みの請求書は、入金月ごとに整理して管理すると、後から請求書を確認したいときの検索性が高まります。例えば、税務調査や監査の際に特定の月の取引内容を確認する必要が生じた場合でも、月別に整理されていればスムーズに対応できます。

また、取引先が多い場合は、取引先ごとにファイルを作成し、時系列がわかるようにファイリングして保存する方法も有効です。取引先別に管理することで、特定の企業との取引履歴を追いやすくなり、継続的な取引関係の把握や与信管理にも役立ちます。

自社の取引規模や取引先の数に応じて、月別・取引先別のどちらか、または両方を組み合わせた管理方法を選択するとよいでしょう。

請求書管理の流れ（買手として受領した場合）

自社が買手として請求書を受領した場合、支払い漏れや二重払いを防ぐための適切な管理が必要です。ここでは、請求書受領後の管理の流れについて解説します。

請求書を受領した場合の管理の流れ

「未払い」と「支払い済み」に分けて管理

請求書を受領した後は、支払いの遅れや二重払いが発生しないよう、「未払い」と「支払い済み」に分けて管理することが基本です。請求書を受け取ったら、まず請求内容に誤りがないか、金額や取引内容、支払期日などを確認します。内容に問題がなければ「未払いファイル」に入れて保管します。

確認作業に時間がかかる場合は、一時的に保管する場所を決めておくと、未確認の請求書が紛失するリスクを防げるでしょう。

支払いが完了したものから、印を押すなど支払い済みとわかる印をつけて「支払い済みファイル」に移します。このように明確に区分することで、どの請求書が未払いなのかを把握しやすくなり、支払期日の管理もスムーズになります。

また、未払いファイルを定期的にチェックすることで、支払期日が近づいている請求書を見落とすことなく、計画的な資金管理が可能です。

「支払い済み」の請求書は月ごと・支払い先ごとに管理

支払い済みの請求書は、支払い月ごとに管理すると、後から請求書を確認したいときの検索性が高まります。月別に整理することで、月次決算や経費精算の際に該当月の支払い状況を素早く確認でき、経理業務の効率化につながります。

また、取引先が多い場合は、取引先ごとにファイルを作成し、時系列がわかるようにファイリングして保存する方法も効果的です。取引先別に管理することで、特定の仕入先や業務委託先との取引履歴を追跡しやすくなり、契約内容の確認や支払い実績の把握がスムーズになります。

請求書の保管期間

請求書の保管期間は、法人と個人事業主で異なります。法人の場合、法人税法により原則として7年間の保存が義務付けられています。ただし、欠損金の繰越控除を適用する場合など、繰越欠損金額がある事業年度については10年間の保存が必要です。

一方、個人事業主の場合は、所得税法により5年間の保存が原則ですが、インボイス制度における適格請求書については7年間の保存が求められます。

■請求書の保管期間

区分	請求書の保管期間
法人	7年（繰越欠損金額がある場合は10年）
個人事業主	5年（適格請求書の場合は7年）

保管期間の起算日についても注意が必要です。請求書の発行日や受領日から計算するのではなく、事業年度における確定申告の提出期限の翌日から起算します。例えば、3月決算の法人であれば、5月末が確定申告の提出期限となるため、その翌日の6月1日から7年間（または10年間）保存することになります。

請求書を保存する際の注意点

請求書を管理・保存するには、電子帳簿保存法のルールを把握する必要があります。発行・受領の形態によって保存方法が異なるため注意しましょう。

電子データで発行・受領した場合はデータのまま保存

請求書を電子データで発行・受領した場合は、電子帳簿保存法に則って、電子データのまま保存する必要があります。PDFなどの電子データを一度印刷し、紙で保存する方法は認められていないため注意が必要です。

一方、紙で発行・受領した請求書については、紙のまま保存しても問題ありません。ただし、電子データの請求書と紙の請求書が混在すると管理が煩雑になりやすく、検索や確認に手間がかかるケースもあります。そのため、業務効率化や管理コスト削減を目的として、紙の請求書を電子化し、電子データとして一元管理する企業も増えています。

紙の請求書を電子化する場合はスキャナ保存の要件がある

紙の請求書をスキャンして電子データとして保存する場合は、電子帳簿保存法で定められた「スキャナ保存」の要件を満たす必要があります。

具体的には、解像度200dpi以上でのスキャン、受領後おおむね7営業日以内のデータ化、タイムスタンプの付与などが求められます。また、検索機能の確保や訂正削除の履歴が残るシステムの使用なども必要です。

※「スキャナ保存要件」の詳細については下記の記事もご覧ください。

請求書管理の方法

請求書を管理する具体的な手段として、主に「Excel」を利用する方法と、「請求書管理システム」を利用する方法の2つがあります。それぞれの特徴を見ていきましょう。

Excelで管理

Excelなどの表計算ソフトを使い、請求書の発行日や取引先、金額、入金ステータスなどを一覧表に入力して、請求書を管理します。多くの企業で利用されている身近なツールのため、導入しやすい点がメリットです。

一方で、請求書情報を手作業で入力・更新する必要があり、管理工数がかかる点や、入力ミスなどのヒューマンエラーが発生しやすいというデメリットがあります。

また、電子帳簿保存法では、データの訂正・削除ができないシステム、もしくは訂正・削除の履歴が残るシステムでの管理が求められていますが、Excelでこれらの要件を満たすのは難しい場合があり、法対応の観点で課題が残ります。

請求書管理システムで管理

請求書の作成から発行、受領、入金消込、保管までを一元管理できる専用システムを導入する方法です。 書類データの登録や自動入力、タイムスタンプ付与、高度な検索機能などを備えており、経理業務の負担を大幅に軽減できます。

導入コストやランニングコストがかかりますが、人的コストの削減やミスの防止による損失回避などを考慮すると、中長期的には費用対効果の高い選択肢といえるでしょう。

請求書管理システムのメリット

請求書管理システムを導入することで、さまざまなメリットが得られます。ここでは、主なメリットについて解説します。

請求業務全体の効率化

請求書管理システムを利用すれば、請求書の自動作成・電子化が可能です。これにより印刷・封筒詰め・切手貼り・郵送といった手間とコストを削減できます。また、受領した請求書の金額確認やフォルダの管理も自動で行えるうえ、検索性も高いため、管理の手間も軽減されます。

中でも、「DtoD（Data to Data）」方式を採用しているシステムであれば、請求書などの帳票データの入力・送付から、受け取り後の処理、保存までをデジタル上で完結させることが可能です。DtoD方式とは、最初からデジタルデータとして請求書を作成・送付し、受領側もデジタルデータとして受け取る仕組みです。これにより、請求業務の完全デジタル化を実現できます。

ミスの軽減

人の手で行う業務には、「フォルダ分け」「請求金額の入力や確認」「誤請求」「請求漏れ」など、ケアレスミスが付き物です。金額面でのミスは場合によって、会社に大きな損害をもたらしてしまいます。請求書管理システムなら、データの入力や分類を自動化できるため、請求書管理のミスを軽減できます。

多様な働き方の実現

請求書が電子化されれば、印刷や確認、押印のためだけに出社する必要がなくなります。また、管理に関しても、クラウド上ですべての業務が行えるため、オフィスにいなければできない業務はほとんどありません。これにより、テレワークなどの多様な働き方のほか、地方在住の優秀な人材を採用することも可能になります。

関連システムとの連携

請求書管理システムの多くは、請求書の管理だけでなくさまざまな既存システムと連携できます。例えば、「会計システムと連携して、受領した請求書を自動で会計システムに取り込む」「銀行のサービスと連携して、入出金データを請求書管理システムに取り込み、入金確認をする」などの機能があります。これにより業務効率化や生産性向上、入金漏れの軽減などの効果が見込めるでしょう。

請求書管理システムを選ぶ際のポイント

請求書管理システムを選ぶ際は、自社の業務に適したシステムを選定することが重要です。以下のポイントを参考に比較検討してみましょう。

■請求書管理システムを選ぶ際のポイント

項目	ポイント
コスト	自社の予算に見合っているか。初期費用だけでなく、月額利用料やユーザー数による追加料金なども含めて総合的に判断する
セキュリティ対策	請求書には取引先の情報や金額などの機密情報が含まれるため、データの暗号化、アクセス権限の設定、バックアップ体制などが整っているか確認する
機能	会計システムとの連携機能、承認ワークフロー機能、自動消込機能、リマインド機能など、自社の業務フローに必要な機能が搭載されているかを確認する
サポート体制	システム導入時の支援や、運用中のトラブル対応、操作方法の問い合わせなど、適切なサポートが受けられるか確認する
法改正への対応	税制や会計に関する法律は随時改正されるため、法改正に合わせてシステムがアップデートされる体制があるかを確認する

請求書管理システムの導入で多くの請求書管理問題を解消

請求書管理は、企業の信用やキャッシュフローに直結する重要な業務です。一方で、インボイス制度や電子帳簿保存法などの法改正への対応に加え、発行・受領後の確認や保存といった日々の煩雑な作業は、経理担当者にとって大きな負担となりがちです。

請求書管理システムを導入すれば、こうした法的な要件を確実にクリアしながら、請求書管理のプロセスを効率化できます。定型業務をシステムに任せることで、人は本来注力すべき専門性の高い業務に集中できるでしょう。

株式会社インフォマートが提供する『BtoBプラットフォーム 請求書』であれば請求書の発行はもちろん、取引先から届く請求書の受領管理まですべてクラウド上で行えます。また多くの既存の会計ソフトや販売管理ソフトとの連携も可能なため、請求業務全般の自動化による効率化も可能です。「請求書管理問題をすみやかに解消したい」と考えている場合はぜひ、ご相談ください。

よくあるご質問

Q. 請求書管理とは何ですか？

請求書管理とは、取引先への請求書の発行・送付や、受け取った請求書の支払・保管を行う業務全般のことです。単なる事務作業ではなく、入金消込や支払確認を通じて会社の資金繰りを正確に把握し、法的な保存義務（法人税法等で原則7年間）を遵守するために欠かせない、経営の根幹を支える重要な業務です。
詳細は「請求書管理とは発行・受領した請求書を適切に整理し、保存・運用すること」をご覧ください。

Q. 請求書の整理の仕方は？

基本は「未処理」と「処理済」を物理的に分けることです。受け取った請求書は支払期日順に並べて管理し、支払いが完了したら「済」のスタンプを押して「支払済ファイル」へ移動させます。取引先別や月別にファイリングルールを統一し、誰が見てもステータスがわかる状態にすることが、支払漏れ防止の第一歩です。
詳細は「請求書管理の流れ（売手として発行した場合）」または「請求書管理の流れ（買手として受領した場合）」をご覧ください。

Q. 請求書管理を効率化するにはどうしたらいいですか？

最も効果的なのは「電子化」と「システムの活用」です。紙でのやり取りを廃止し、電子請求書システムを利用すれば、発行・受取双方の郵送やファイリングの手間を削減できます。また、会計ソフトとデータを連携させることで、手入力によるミスをなくし、仕訳や消込作業の時間を大幅に短縮することが可能です。
詳細は「請求書管理システムのメリット」をご覧ください。